Из письма ФНС от 05.02.16 № ЗН-4-1/1711 следует, что если по итогам года сумма минимального налога оказалась меньше суммы авансовых платежей по УСН, то пени, начисленные ранее за просрочку уплаты авансов, должны быть соразмерно уменьшены.
При этом в письме отмечено, что для уменьшения пеней необходимо сначала произвести перерасчет авансовых платежей соразмерно сумме налога за налоговый период. Вследствие чего расчет пеней произойдет в автоматизированном режиме на пересчитанную сумму авансовых платежей.
Ранее Минфин РФ в Письме от 30.10.15 № 03-11-06/2/62714 высказывался аналогично.